Men utredningen säger nej till att införa en friköpsrätt.
Förslagen har betydelse för nära 50 000 småhusägare och för boende i lägenheter i över 6 000 flerbostadshus med tomträtt.
De nya reglerna, som nu lämnats till regeringen, föreslås börja gälla i juli 2014.
Utredningen anser att dagens regler för tomträttsavgäld (tomthyra) är krångliga, orättvisa och utformade så att det kan bli mycket stora höjningar av den tomthyra som småhusägare, ägare till flerbostadshus, kontor eller industrier som har tomträtter betalar.
Kraftigt höjda värden på mark, i kombination med att avgälden bara räknats om vart tionde år, har kunnat leda till att avgälderna gjort stora hopp uppåt vart tionde år.
Enligt utredningen, ledd av hovrättspresidenten Sten Andersson, finns det 62 300 tomträtter i Sverige. Drygt 49 000 av dem är tomträtter för småhus. Kommunerna tar in tomträttsavgälder på omkring 2,8 miljarder per år.
Enligt Villaägarnas riksförbund, som välkomnar utredningens förslag om uppräkning varje år baserat på en ränta och marktaxeringsvärden, finns det tomträtter i många av landets större och medelstora städer. Förbundet beskriver det som utredningen föreslår som ett hyrestak som kommer att öka småhusägarnas möjligheter att förutse och klara av höjningar av tomträttsavgälden.
"Många familjer skulle få betydligt lägre hyreshöjningar än med dagens system", säger Joacim Olsson, vice förbundsdirektör på Villaägarna, i ett pressmeddelande.
Ett av utredningens uppdrag var att överväga en rätt att friköpa tomträtt. Men skälen för att införa en rätt för till exempel en småhusägare att friköpa sin tomträtt från kommunen räcker inte, anser utredningen. Det skulle innebära ett för stort ingrepp i den kommunala självstyrelsen.
Utredningen bedömer att avgälderna för 80 procent av småhusägarna med tomträtt inte påverkas alls, eller med som mest 5 000 kronor i avgäld per år. För 70 procent av tomträtterna för flerbostadshus skulle ändringen bli ingen alls eller som mest 2 000 kronor mer eller mindre per lägenhet och år.
För innehavare av tomträtter för andra syften än bostäder, som kontor och industri, kan förslagen innebära sänkta avgälder, enligt utredningen.