Kommissionen beordrade då mjukvarujätten att låta användarna av operativsystemet Windows välja mellan olika webbläsare.
EU-kommissionär Joaquin Almunia sade på en presskonferens att det verkar som att Microsoft inte lever upp till beslutet, och att kommissionen därför omedelbart har vidtagit åtgärder.
Microsoft medger i ett uttalande att bolaget inte har levt upp till EU-beslutet. Bolaget beklagar detta djupt och lovar snabba åtgärder, skriver Reuters.
Förklaringen uppges vara ett "tekniskt fel" som ska ha lett till att användare av operativsystemet Windows 7 inte fått den mjukvara som tillåter dem att välja mellan olika webbläsare. Mjukvaran, kallad "browser choice screen" (BCS) ska nu distribueras till de berörda användarna.
I uttalandet säger också Microsoft att bolaget riskerar sanktioner för att det inte följt EU-kommissionens beslut.