Också taket för hur hög fastighetsavgiften kan bli förändras, och höjs i storstäder och så kallade mellankommuner, medan det blir något lägre i glesbygd.
Vinnare blir exempelvis studentrum, medan förlorare blir boende i stora storstadslägenheter eller småhusägare med stor boyta.
Enligt Villaägarna kommer den föreslagna avgiften att medföra höjningar på tusentals kronor. I ett 20-tal kommuner blir höjningen i snitt över 100 procent.
Mest drabbas Ljusnarsberg, Munkfors och Högsby enligt siffror som Statistiska centralbyrån (SCB) tagit fram åt Villaägarna.
"Utredningens förslag är anmärkningsvärt. Uppdraget var att föreslå hur taxeringssystemet kan avskaffas men utredaren har tolkat det som att en helt ny fastighetsskatt ska tas fram. Följden blir stora skattehöjningar för enskilda småhusägare", skriver Joacim Olsson, vice förbundsdirektör på Villaägarnas Riksförbund, i ett pressmeddelande.
Cirka hälften av landets småhusägare får höjd skatt med förslaget, enligt Villaägarna.