Hon delar priset med bland andra det ryska punkbandet Pussy Riot och författaren Christopher Hitchens.
Ceremonin äger rum i Reykjavik på tisdagen den 9 oktober, John Lennons födelsedag.
Yoko Ono motiverar priset till Lady Gaga med att hon är "en av de största nutida levande artisterna" och att albumet ''Born This Way'' "har förändrat den mentala världsbilden med sitt mod och positiva budskap".