Förseningarna beräknas ligga runt 10-15 minuter, både från och till Malmö.
– Det är ett problem vid spåren, värmen har utlöst någon form av signalfel, säger Helena Tilander, presschef på Banverket.
– Vi kan inte säga när det är avhjälpt, men vi arbetar med att kyla ner spåren.
Den pågående ombyggnationen på centralen förvärrar också situationen.
– Det är ju redan trångt som det är.
Enligt Ulrika Mebius, presschef vid Skånetrafiken, är det flera olika fel som har drabbat tågtrafiken samtidigt på grund av värmen.
– Vid 15.30 inträffade ett signalfel på sträckan Nybro-Emmaboda och där är tågen 40-50 minuter försenade. Första prognosen är att det ska vara åtgärdat klockan 20, men förseningarna smittar ju av sig på de tåg som kommer från Kamlar via Älmhult och ner.
– Sedan har vi ett växelfel i Helsingborg som påverkar Pågatåg- och Öresundstågtrafiken. Det rör sig om förseningar på fem minuter. Det ska vara klart vid 18.30.
– Dessutom har vi just nu ett signalfel på Malmö Central. Så det har varit minst sagt rörigt under eftermiddagen.
Felen i både Malmö och Nybro är nu åtgärdade, men ändå kvarstår förseningar på upp till 10-15 minuter under hela kvällen.
– Resegarantin gäller alla förseningar som drabbar våra resenärer under kvällen, betonar Ulrika Mebius.
Tidigare under dagen orsakade bränder längs med banvallen på sträckan Eslöv-Lund förseningar i tågtrafiken. Ersättningsbussar sattes in under tiden släckningsarbetet pågick.