Enligt polisen ska kidnappningen ha börjat i Norra Skåne, då flickan sattes i en personbil som sedan körde mot Malmö.
– Vi kom i kontakt med någon under färdens gång som kunde berätta för oss om frihetsberövandet, säger Skånepolisens informatör Jimmy Modin.
När bilen kommit till Malmö och svängde av från Amiralsgatan mot Rosengård stod flera polispatruller beredda att stoppa den. Den manlige föraren greps på plats och misstänks inledningsvis för olaga frihetsberövande.
Bilen togs i beslag och flickan togs med till polishuset för förhör.
– Vi ska höra både henne och den gripne mannen under natten för att ta reda på vad som hänt, säger Jimmy Modin.
Under nattens förhör framkom att flickan och mannen hade blivit bekanta med varandra på nätet och på tisdagen stämde de träff i Kristianstad där flickan bor.
Mot sin vilja tvingades hon sedan följa med mannen i hans bil till Malmö. Det var flickans föräldrar som larmade polisen om att mannen kört iväg med henne.
Flickan blev inte fysiskt skadad och det är fortfarande oklart vad mannen hade för syfte med med sitt handlande.
Efter nattens förhör med den 16-åriga flickan och den gripne 32-årige mannen beslutade jouråklagaren tidigt på onsdagsmorgonen att anhålla mannen för människorov.
Husrannsakan i mannens bostad har genomförts under natten och under dagen ska en teknisk undersökning genomföras av mannens bil.
Flickan har tagits om hand av anhöriga, uppger polisen tidigt på onsdagsmorgonen.