Den senaste säsongen ledde han laget till tionde plats i franska ligan. Nu har han och klubbledningen kommit överens om att bryta i förtid.
"Olympique Marseille och Didier Deschamps har kommit överens om att inte fullfölja sitt samarbete över säsongen 2012/2013", skriver klubben på sin hemsida.
Didier Deschamps nämns som en kandidat till att ta över som Frankrikes förbundskapten efter Laurent Blanc som avgick i lördags.