Den färska Europamästarinnan slutade bara fyra i sitt försöksheat på tiden 52,86 och har därmed inga möjligheter att ta en plats bland de 24 som får springa i lördagens semifinaler.
Svenskan startade med ett kraftigt tejpat knä.
– Jag är inte riktigt där jag var på EM. Jag hade inte samma krut i benen, sade Moa Hjelmer till SVT efter att ha blivit utslagen i försöken på 400 meter.
– Jag kände mig trött i andra kurvan, det ska jag inte vara där. Upploppet var bara tungt, sade hon.
Ryskan Antonina Krivosjapka, snabbast i världen i år med 49,16, vann försöksheatet på tiden 50,75.