Med beskedliga 49,55 var svensken drygt en halv sekund från att ta en plats bland de 16 som gick vidare.
– Det var ett okej lopp, känslan var bra, men tiden var mindre bra. Jag trodde jag skulle vara snabbare, men jag kom nog ut med för seg frekvens, sade han.
Det stora målet för Nystrand under OS i London är halva distansen och han är positiv trots missen på 100 som han kallade för bonusdistans.
– Det är positivt att det känns bra simmässigt, jag är kraftfull i dragen och tekniskt känns det också jättebra. Med allt jag har visat på träning så kommer det att gå mycket bättre på 50. Det ska mycket till för att jag ska misslyckas nu.