SMHI har utfärdat en klass 1-varning, med risk att tidvis nå klass 2, för höga flöden i Emåns biflöde Silverån i Kalmar och Jönköpings län.
En klass 1-varning är också utfärdad för rikligt regn det kommande dygnet i Gävleborgs läns kustland och inland. Under det närmaste dygnet väntas uppemot 40 millimeter regn.
Under de gångna 24 timmarna har det enligt SMHI fallit 113 millimeter nederbörd i Målilla.
– Det föll 73 millimeter under natten och sedan klockan åtta i morse har det kommit ytterligare 37,2 millimeter, säger Lisa Frost, meteorolog på SMHI.
Regnområdet rör sig nu sakta norrut och bör ha lämnat det översvämningsdrabbade området till kvällen.
– Men området kan föra med sig stora regnmängder lokalt även längre norrut, säger Lisa Frost.
Polisen i Jönköpings län skriver på sin hemsida att länsväg 933 norr om Gränna har stängts på grund av det myckna regnandet. Vägen kommer att vara avstängd "ett par timmar framåt" och trafikanter hänvisas till E 4:an.
Flera andra vägar har fått stängas av, däribland riksväg 40 mellan Mariannelund och Vimmerby. Vägen från Mariannelund mot Hultsfred är också avstängd liksom länsväg 903 mellan Karlstorp och Buskebo. Där har cirka 20 meter av vägen spolats bort.
Räddningstjänsten varnar för att även mindre vägar på landsbygden nedsatt bärighet och uppmanar trafikanterna till försiktighet.
Sent i går kväll drabbade ett mycket kraftigt regnväder Mariannelund och orsakade översvämningar i hus och underminerade vägar.
– Det har kommit enorma mängder, sade Jörgen Franzén, insatsledare vid räddningstjänsten i Eksjö.
Polisen i Jönköping skrev på sin hemsida att vattennivån i Silverån vid Målilla är över två meter högre än normalt och att det finns risk för att dammar i området brister.
Regnet fortsatte under söndagsnatten att vräka ner och medförde att ännu fler byggnader drabbades av översvämning. Främst har Mariannelund, Pauliström och Landsbro drabbats. Men översvämningar har även skett i sydöstra delarna av Jönköpings län.
En bäck i Mariannelund har översvämmats och räddningstjänsten bygger barriärer för att undvika att ytterligare byggnader drabbas.