Tåget stannade inne i byggnaden, en bit efter det att spåren tagit slut, och huset fick svåra skador.
– Räddningschefen lät utrymma huset av säkerhetsskäl, säger Ulf Lindgren vid polisens länskommunikationscentral till TT.
Kvinnan som körde tåget var städare hos en av Arrivas underentreprenörer och i 20-årsåldern, bekräftar företagets kommunikationschef Tomas Hedenius.
Enligt honom har städarna vanligtvis inga nycklar för att starta tåget.
TT: Hur svårt är det att starta tåget?
– Det är möjligt att starta tåget om man har utbildning och tillgång till nyckel, men exakt hur det har gått till kan vi inte svara på, säger Hedenius.
Enligt Arriva ska kvinnan inte heller tidigare varit anställd som förare.
– Tåget stals ur depån och kördes i hög hastighet, säger SL:s kommunikationschef Suss Forssman Thullberg till TT.
Hur snabbt tåget gick kan hon inte svara på.
– Saltsjöbanan har inte ATC-system som automatiskt ser till att hastigheten inte överskrids.
Kvinnan klämdes fast och räddningspersonal hade ett intensivt arbete med att få loss henne, säger Lindgren.
– Föraren var vid medvetande och talbar under räddningsarbetet. Det var då oklart hur allvarliga skador föraren fått.
Kvinnan flögs efter räddningsarbetet till Karolinska universitetssjukhuset med ambulanshelikopter.
Tåget var inte i ordinarie trafik, skriver Storstockholms Lokaltrafik (SL) på sin hemsida.
– Nej, normalt går det ingen trafik vid Saltsjöbanan vid den här tiden, säger Jesper Pettersson vid SL:s pressjour.
De evakuerade från huset fick sova över i en grannbyggnad.
– Det var en otrolig tur att ingen människa i huset skadades, säger Lindgren.
Olyckan inträffade strax efter klockan tre på natten vid Dalarö brygga.
Varför stoppbocken inte hejdade tåget är oklart, säger Lindgren.
– Det brukar pågå arbeten runt järnvägen men det är oklart om det gjorde det under natten.
Räddningsarbetet försenades av att tåget rev ned kontaktledningen. Strömmen måste brytas innan räddningspersonalen kunde sätta igång.