Problemet uppstod vid klockan 20.15 och lamslog tågtrafiken i Skåne, Blekinge och stora delar av Småland.
Enligt Trafikverket handlade de om ett datorfel på driftsledningscentralen i Malmö.
– Så vi fick stoppa all trafik som styrs därifrån eftersom man inte kunde se var tågen befann sig, säger Bodil Sonesson på Trafikverkets presstjänst.
Tekniker kallades in för att fixa problemet som var avhjälpt klockan 21.20.
– De var tvungna att göra en omstart av systemet, säger Bodil Sonesson.
Även om tågen rullade igång igen fick trafiken dras med följdförseningar under flera timmar efter stoppet.