Båda passagerarna har förts till sjukhus.
– Det tar en stund att åka, det är fyra mil på småvägar, sade Catarina Karlsson, vakthavande vid polisen i Kalmar och Kronobergs län.
Enligt sjö- och flygräddningscentralen var det personen i fritidsbåten som larmade om olyckan.
Kvinnan förlamades från höften och neråt och fördes med helikopter till Karlskrona sjukhus, enligt polisens hemsida. Mannen fördes till sjukhuset i Kalmar med punkterad lunga och en skallskada.
Planet, ett äldre amerikanskt amfibieplan, sjönk till botten.