Trafikverkets ledning menar att det behövs omkring 700 miljoner kronor i ökade anslag för att komma igång som planerat 2014.
Järnvägen är maximalt belastad i rusningstid och ska byggas ut från två till fyra spår mellan Arlöv och Flackarp utanför Lund.
Spåren ska också grävas ner där de passerar genom Åkarp och Hjärup.
Men nu är det mycket ovisst om byggstarten kan ske 2014 som planerat.
– Vi är lite oroliga som det ser ut nu att vi inte kan starta 2014. Skälet är att vi har många stora pågående järnvägsprojekt runt om i landet, säger Lennart Andersson, regionchef på Trafikverket.
Tre miljarder kronor är avsatta för utbyggnaden. Men när andra aktuella järnvägsprojekt i landet blir dyrare – bland annat Citybanan i Stockholm – så skjuts investeringen i Skåne på framtiden.
– Pengarna finns i våra planer, men de ligger på fel år. Det är omkring 700 miljoner kronor som behöver tidigareläggas för att driva projektet optimalt, säger Lennart Andersson.
Trafikverket sätter sitt hopp till att regeringen anslår mer pengar i den infrastrukturproposition som väntas till hösten.
Som argument för sin sak lämnade verket i förra månaden in en utredning om järnvägskapaciteten.
– Där har vi en förhoppning om att få finansiering – men vi vet inte idag. Det kan i värsta fall bli byggstart 2016 istället för 2014.
– Vi drar inte i nödbromsen nu. Men får vi inte de signaler vi önskar i höstens proposition får vi gå ner i ett lägre arbetstempo.
Lennart Andersson menar att det är viktigt att järnvägsutbyggnaden kommer igång som planerat.
– Banan är en stor och betydande flaskhals i södra Sverige. När vi får störningar i systemet – på grund av väder och vind eller att anläggning eller tåg går sönder – blir de mycket mer påtagliga när vi bara har två spår på sträckan.
Samtidigt som det saknas pengar till järnvägsutbyggnaden så dröjer regeringens tillstånd att fortsätta med projektet.
Miljölagstiftningen kräver ett särskilt tillstånd från regeringen för att större infrastrukturprojekt som järnvägsutbyggnader ska få sätta igång – så kallad tillåtlighet.
Att beslutet från regeringen dröjer har redan fått till följd att samrådsmötena – där de boende vid järnvägen ska få veta mer om hur de påverkas – har skjutits upp till efter sommaren.
– Tillåtligheten från regeringen kan ge oss nya förutsättningar som vi måste ha med i planen innan vi håller samråd, säger Ingela Olofsson Renström, enhetschef på Trafikverket.