Vem som segrar är ovisst men de utpekade favoriterna är islamister eller tidigare toppolitiker från den störtade Hosni Mubaraks regim. För att spä på osäkerheten är det inte slutligen fastslaget vilket mandat presidenten får, det är oklart hur mycket makt militären kommer att släppa ifrån sig.
Lokala medier rapporterar att en polis dödades utanför en av vallokalerna i huvudstaden Kairo. Skottlossning ska ha utbrutit mellan anhängare av rivaliserande presidentkandidater. Ytterligare en person skadades.
De 13 000 vallokalerna öppnade i morse klockan 8 och stänger klockan 20 i kväll. Röstningen fortsätter i morgon.
Ingen av de tolv presidentkandidaterna väntas dock vinna valets första omgång, sannolikt blir det en andra och avgörande omgång i mitten av juni, skriver Reuters.
I De dödas stad, en av Kairos fattigaste områden, samlas väljare runt kaféer och affärer.
– Det är viktigt att vi röstade och får en president som kan förbättra levnadssituationen för egyptier, ni ser hur vi har det här, säger före detta tjänstemannen Kamal Mokhtar och visar med handen mot skräpet på marken.
Men andra handen visar han upp ett mörkblått lillfinger, tecknet att han precis har röstat.
Han säger att han har röstat på före detta utrikesministern Amr Musa, och flera andra gäster i det lilla kaféet stämmer in.
– Amr Musa är en erfaren man. Han har varit utrikesminister och har stor politisk erfarenhet och kan förbättra vår situation, säger Ali Ragab som sitter bredvid Mokhtar.
I området Zabalin hänger valaffischer med bilder på kandidaten Ahmed Shafiq på så gott som varje vägg. Till och med på en liten pojkes sparkcykel syns tre foton på den före detta premiärministern.
Shafiq är en bra man, han kan se till att hålla ordningen i landet. Även Mubarak var en bra president i början, och vi tror även att Shafiq kan vara bra, säger Mina Takhy. Han står och sorterar sopor på ett berg av skräp.
Området Zabalin är även känt som sopsamlarnas stadsdel, och de flesta i det här fattiga området tjänar sitt levebröd genom att sortera soporna från de rikare områdena.
i Zabalin bor nästan uteslutande kopter, och valet av Shafiq återspeglar detta.
– Vi vill inte att landet falla i händerna på salafister eller Muslimska brödraskapet, för det skulle skapa en ny och större oro, säger Mina Takhy till TT.