Det uppger general Issam Yassim vid den sydliga gränsövergången al-Walid mellan Irak och Syrien.
Ordern ska enligt Yassim gälla samtliga gränsövergångar.
Nuri al-Maliki har även instruerat Röda halvmånen att hjälpa de syriska flyktingar som kommer till Irak.
Beslutet att öppna gränsen innebär helt nya bud från Irak. Så sent som i fredags sade en företrädare för den irakiska regeringen att Irak inte hade kapacitet att ta emot syriska flyktingar, då mottagandet försvårades av den dåliga säkerhetssituationen i Irak och det faktum att gränsområdena mellan Irak och Syrien består av öken.
al-Walid är en av de tre stora gränsövergångarna mellan länderna, och den är på den syriska sidan fortfarande i regimens händer. Majoriteten av de tusentals irakier som flytt Syrien har tagit sig tillbaka till Irak via just al-Walid.
Längre norrut ligger övergången Abu Kamal/al-Qaim, som de syriska rebellerna håller. Av rädsla för att våldet skulle sprida sig över gränsen stängde Irak sin sida av övergången. Rabia, som ligger ännu längre norrut, har återtagits av syriska regimstyrkor. Nära den turkiska gränsen finns ytterligare en gränsövergång mellan kurdiska Irak och Syrien.