Eduardo Paes fick 64,6 procent av rösterna, skriver brasilianska O Globo på nätet. Han tillhör mittenpartiet PMDB, och har stöd av regerande Arbetarpartiet (PT).
I jättestaden São Paulo går de två toppkandidaterna José Serra från det socialdemokratiska PSDB och Fernando Haddad från president Dilma Rousseffs arbetarparti PT vidare till en andra valomgång, som hålls den 28 oktober. Marginalen mellan de båda kandidaterna var mindre än 2 procent.
Lokalvalen är viktiga, inte bara för president Dilma Rousseffs arbetarparti PT, som just nu figurerar i en uppmärksammad korruptionsrättegång. En borgmästartitel i São Paulo, liksom Brasiliens övriga jättestäder, ses som en språngbräda för att nå den politiska toppen i Latinamerikas största ekonomi.
Efter 12 år vid makten vacklar PT:s regeringskoalition och spänningar mellan tidigare allierade har gjort det svårare att vinna städer som São Paulo.
Det socialistiska partiet PSB vann borgmästartitlar i både Belo Horizonte och Recife, vilken har spätt på spekulationer om att partiets ledare, senator Eduardo Campos, skulle kunna utmana Rousseff i presidentvalet 2014, enligt Reuters.