Fyra av dödsoffren fanns i Malaga och Murcia.
Vattenmassorna stängde vägar och avbröt kollektivtrafik, de fyllde gator och trängde in bostäder, rapporterar räddningstjänsten. I Murcia rämnade en bro.
Regnen som avbröt månader av torka började på fredagsmorgonen och beräknades avta inom något dygn.