Valet är tänkt att slutföra Pakistans återgång till full demokrati efter åtta år under president Pervez Musharraf som tog makten i en kupp 1999. Men det genomfördes i skuggan av de senaste månadernas våldsdåd. 90 människor dödades enbart förra veckan. 14 rapporteras ha dödats under valdygnet, bland dem en kandidat för oppositionspartiet PML-N.
80 000 poliser och militärer var utkommenderade för att upprätthålla säkerheten, men trots det tros väljare ha stannat hemma på grund av rädsla för attentat.
– Jag är inte rädd för bombdåd. . . Jag är mycket mindre modig än Bhutto men jag är redo att dö för att uppnå hennes mål, sade Sakina Bibi, en 60-årig anhängare till Bhutto som röstade i Karachi.
Opinionsmätningarna har pekat ut Bhuttos parti PPP som segrare, följt av PML-N som leds av Nawaz Sharif. På tredje plats ligger partiet PML-Q som stödjer Musharraf.
Asif Ali Zardari, Bhuttos make, röstade i staden Nawabshah. ”Länge leve Bhutto” och ”Vi ska hämnas Benazir genom valsedeln” ropade hundratals anhängare utanför vallokalen.
– Vi är förutbestämda att segra och vi ska ändra systemet, sade Zardari.
Under dagen samlades även människor vid Benazir Bhuttos grav i Sindhprovinsen. De strödde blommor över hennes grav, slog sig på bröstet och reciterade Koranen.
– Vi har kommit hit för att leva upp till löftet till vår ledare, sade Hanif Leghari, en bonde från trakten.
Oppositionsledaren Nawaz Sharif möttes också av hundratals anhängare till PML-N (Pakistan Muslim League - Nawaz) när han lade sin röst i Lahore. Han hävdade än en gång att valet var riggat av presidenten.
Musharraf har avfärdat alla anklagelser om valfusk. Han sade i statlig tv på valdagen att han kommer att samarbete med den som vinner valet, oavsett vem det blir, och uppmanade alla sidor att acceptera resultatet på ett värdigt sätt.
Musharrafs presidentpost står inte på spel, men hans ställning kan bli kraftigt försvagad om folket väljer ett parlament som är fientligt inställt till honom.