Den 14-åriga flickan som tillhör en kristen familj beskrivs som förståndshandikappad och fallet har väckt internationell avsky.
– Hon har släppts ur fängelset och har flugits med helikopter till ett säkert ställe. Hon är återförenad med sin familj, sade Paul Bhatti som är minister för frågor om nationell harmoni.
Pakistans regering har upprepade gånger fått kritik för sin vägran att reformera landets mycket hårda lagstiftning mot blasfemi.