Redan 2013 slogs det fast att själva konstruktionen av ESS fick kosta 1,84 miljarder euro, motsvarande 19 miljarder kronor, när den är färdigbyggd om fyra år. Det siffran låstes fast, men nya krav på säkerhet har ändå gjort att budgeten ökats något, till nära 21 miljarder. Sverige och Danmark är gemensamt värdar för projektet vilket betyder att länderna betalar mer än andra. Allra mest betalar Sverige, runt 7 miljarder kronor.